Ιστορία φρουρίου
Η Καλιφόρνια έγινε κατοχή των Ηνωμένων Πολιτειών στις 2 Φεβρουαρίου, 1848 σε μια συνθήκη με το Μεξικό που τερμάτισε τον Μεξικανικό πόλεμο. Μια εβδομάδα νωρίτερα, στις 24 Ιανουαρίου, ο χρυσός είχε ανακαλυφθεί στους πρόποδες των βουνών της Σιέρα Νεβάδα. Μέσα σε τρία χρόνια, ο πληθυσμός του Σαν Φρανσίσκο θα εκραγεί από περίπου 500 σε περισσότερα από 35.000, όπως οι χρυσοί που έχουν χυθεί στην Καλιφόρνια.
Εκατοντάδες πλοία, που κατευθύνονται προς το Σαν Φρανσίσκο κατά τη διάρκεια του χρυσού, καταστράφηκαν κατά μήκος της επικίνδυνης ακτογραμμής της Καλιφόρνιας. Ο πρώτος φάρος στη δυτική ακτή των Ηνωμένων Πολιτειών χτίστηκε σε Alcatraz να καθοδηγήσει τα πλοία με ασφάλεια στον κόλπο του Σαν Φρανσίσκο. Ο φάρος τέθηκε σε λειτουργία την 1η Ιουνίου, 1854.
Ο αμερικανικός στρατός, συνειδητοποιώντας ότι ο κόλπος του Σαν Φρανσίσκο ήταν ευάλωτος σε εχθρική επίθεση, ενίσχυσε την είσοδο του λιμανιού με στρατηγικές μπαταρίες, όπως ένα οχυρό στο Alcatraz Island . Το φρούριο ολοκληρώθηκε το Δεκέμβρη του 1859. Κατά τη διάρκεια του αμερικανικού εμφυλίου πολέμου (1861 – 1865) Alcatraz έγινε το μεγαλύτερο αμερικανικό οχυρό δυτικά του Μισισιπή.
Ο στρατός άρχισε να στέλνει στρατιώτες-κατάδικους στο Alcatraz οχυρό στις αρχές του 1860. Τα επόμενα 40 χρόνια, το νησί κατέστη σταδιακά παρωχημένο ως οχυρό και πιο σημαντικό ως φυλακή. Ο αμερικανικός στρατός αφαίρεσε τα όπλα του οχυρού και το 1907 ορίστηκε επισήμως Alcatraz ως στρατιωτική φυλακή.
Ο στρατός μετονομάστηκε στο νησί το 1915 ως "κλάδος του Ειρηνικού, σωφρονιστικά στρατεύματα των Η.Π.Α."-μια φυλακή για στρατιώτες που υποβάλλονται σε τιμωρία και επανεκπαίδευση. Οι αιχμάλωτοι του στρατού έχτισαν τα περισσότερα κτήρια του νησιού. Αυτός θα ήταν ο τελικός στρατιωτικός ρόλος για το νησί μέχρι που οι τελευταίοι στρατιώτες έφυγαν το 1933.